中国科学院动物研究所历史悠久，其前身是1928年成立的静生生物调查所、1929年成立的中央研究院动物研究所和1929年成立的北平研究院动物研究所。1950年，中国科学院接收了上述三个研究所的部分资料、标本和设备，成立了中国科学院昆虫研究室和动物标本整理委员会。二者分别于1953年和1957年进一步发展为昆虫研究所和动物研究所，之后1962年两所合并成为现在的动物研究所。动物研究所曾产生过16位中国科学院学部委员（院士），在国家自然资源调查、自然保护区设立、虫鼠害防治、珍稀濒危动物保护、生殖避孕等领域做出过重要历史贡献。
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