学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，是教育部批准的首批来华留学示范基地。学校2015年成为重庆市人民政府、国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委）和教育部共建高校。学校由位于渝中区的袁家岗校区和位于重庆大学城的缙云校区组成，校园总面积2650亩，其中缙云校区占地2100亩。

现有专任教师3200余人，博士生导师323人；国家级、省部级研究平台70个；一级学科博士学位授权点8个；一级学科硕士学位授权点14个；博士专业学位授权点3个；硕士专业学位授权点11个；国家重点学科4个；ESI全球前1%的学科10个；重庆市一流学科4个；重庆市 十四五 市级重点学科16个。现有8个博士后科研流动站，在站博士后800余人；近5年共招聘近1000人，获各级各类项目资助约1700项，获资助金额2亿元。