中国科学院微生物所成立于1958年12月3日,其前身是中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室。坐落于北京市朝阳区北辰西路1号院中国科学院奥运园区中部,共有6个相连的楼座,建筑面积共计38000m²。除此之外还有位于北土城路的技术转移转化中心,面积3500m²。
微生物所现有微生物资源、微生物生物技术、病原微生物与免疫三大科学研究体系,设立了微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、农业微生物与生物技术研究室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室。
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