复旦大学国际问题研究院于2000年底在原有的美国研究中心、日本研究中心、韩国研究中心等研究机构的基础上成立。2013年起,为加强复旦大学的国际问题研究、更好地服务于国家外交与战略需求，学校决定整合全校相关资源，把国际问题研究院打造成一个由强势学科支撑、积极服务国家外交战略、能够在国际舞台上发出复旦声音、具有国际学术和政治影响的学术重镇和一流智库。
研究院着重加强了多学科、跨领域的研究团队培育和国际关系研究大平台建设，进一步强化了与国家外交决策界的密切互动。目前，研究院已成为 外交部政策研究重点合作单位（2019-2021） ，美国研究中心是 教育部人文社会科学重点研究基地 和教育部 中美人文交流研究中心 ，俄罗斯中亚研究中心是教育部 中俄人文交流研究中心 。上海市社会科学创新研究基地、上海高校智库 亚太区域合作与治理 研究中心也创设于国际问题研究院。
研究院共有专职研究人员35名，包括正高级职称者23名，副高级职称者10名，青年副研究员、助理研究员2名，下设10余个研究中心，包括美国研究中心、日本研究中心、朝鲜韩国研究中心、俄罗斯中亚研究中心\上海合作组织研究中心、南亚研究中心\巴基斯坦研究中心、中欧关系研究中心、法国研究中心、中国与周边国家关系研究中心、联合国与国际组织研究中心、中国外交研究中心、拉美研究室等。2016年，研究院又开始筹建海洋战略研究中心。
研究院现任院长为吴心伯教授，党委书记为刘季平副研究员，副院长为冯玉军教授、祁怀高副研究员。我国著名外交官、前联合国副秘书长沙祖康担任研究院名誉院长、院发展委员会主任。
