中国科学院水生生物研究所(以下简称水生所)是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构,其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆,1934年7月改名为中央研究院动植物研究所,1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所。中国科学院成立以后,于1950年2月将国立中央研究院动物研究所、北平研究院动物学研究所、国立中央研究院植物研究所藻类部门合并,组建中国科学院水生生物研究所,所址上海,1954年9月迁至武汉。2011年水生所整体进入中国科学院 创新2020 试点工程。2015年被认定为中国科学院 率先行动 计划特色研究所。
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