绍兴市疾病预防控制中心成立于1999年6月，前身为始建于1964年的绍兴市卫生防疫站。是实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。主要承担疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情与健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、健康教育与健康促进、实验室检测分析与评价、技术管理与应用研究等七大职能。中心另对外挂牌绍兴市健康教育所、绍兴市体检中心、绍兴市性病监测中心、绍兴市心脑血管病防治中心、绍兴市肿瘤防治中心。是浙江省质量技术监督局批准的计量认证单位、涉水产品检测机构和浙江省卫生厅批准的职业卫生技术服务、职业健康体检、职业病诊断机构。
2005年9月，中心迁址至绍兴市首个国家级经济技术开发区--袍江新区，建筑面积16465平方米，其中实验室面积4450平方米。核定机构编制数127名，现有在编人员85名，其中专业技术人员76名，高级专技人员22名，硕士研究生以上学历32人（博士1人）。中心内设职能科室8个、业务科（所）7个。
多年来，在绍兴市委、市政府的高度重视和省、市卫生部门的指导帮助下，我市疾控体系建设取得了长足的发展，疾病预防控制能力迈向新的台阶。医药卫生体制改革相关的公共卫生工作全面落实；艾滋病、结核病、血吸虫病等重大疾病防控成效显著；国家扩大免疫规划工作扎实推进；疾病的发现能力和突发公共卫生事件应急处置能力进一步提高；慢性病综合防治、健康教育与促进、城乡社区公共卫生服务指导工作不断深入；食品安全风险监测工作规范化和科学化程度不断提高；卫生技术服务水平、质量和社会满意度稳步提升；人才队伍建设、实验室能力建设、科技创新、信息化建设等支撑体系得到进一步加强。
中心在积极抓好疾病预防控制工作的同时，实施 科教兴防 战略，积极与高等院校、权威科研机构等进行合作，与中国科学院武汉病毒研究所签约成立 联合实验室 ；与香港中文大学、安徽医科大学成立 预防医学专业教育基地 ，努力培养集 应用、科研、教学 为一体的复合型人才。中心建有绍兴市医学重点学科-- 流行病学科 及艾滋病确证实验室、病毒研究室和卫生毒物研究室等，是绍兴市公共卫生检测平台。 近三年来中心获省科技厅、卫生厅、市科技局科技计划立项共15项，争取科技部与卫生部科技教育司协作项目1项、国家重点实验室开放课题1项；省医药卫生科技进步二等奖、三等奖各1项、市科技进步二等奖3项，收录SCI论文21篇。
中心是 浙江省文明单位 ，近年来，被授予 全国医药卫生系统先进集体 ，并多次荣获浙江省疾病预防控制工作、卫生应急工作、思想政治工作等先进集体荣誉。多年来，坚持 敬业奉献、开拓创新 的核心价值理念，积极倡导 和谐、务实、进取、创新 的团队精神，为全市人民提供全方位多层次的公共卫生服务。展望未来，中心将以创建 一流管理、一流技术、一流人才、一流服务 为目标，围绕医药卫生体制改革和 十三五 发展规划，着力抓好疾病预防控制体系建设，巩固重大疾病防控成果，加强市县联动和医防整合，推进疾病预防控制服务逐步均等化，提升疾病预防控制综合实力，为绍兴市经济发展、社会和谐稳定和人民身体健康作出积极的贡献。
