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中国医史文献研究所成立于1982年5月28日，是国家级公益性科研机构，独立法人单位。下设党政办公室、科研教育办公室、医学史研究室、中医文献研究室、古籍数字化研究室、术语与工具书研究室、民族医药研究室、医药文物研究室、中医药文化研究室、民间传统医药研究室、中国医史博物馆、院史陈列馆和《中华医史杂志》编辑部。国家中医药管理局中医药传统知识保护中心、国家中医药管理局中国传统医药申报世界文化遗产委员会办公室、全国科学技术名词审定委员会中医药学名词审定委员会办公室、中国中医科学院中医药文化研究中心、中国中医科学院中医古籍数字化研究中心、中国药学会药学史专业委员会、中国中医药信息研究会葛洪研究分会、世界中医药学会联合会儒医研究委员会、世界中医药学会联合会中医药传统知识保护研究专业委员会、世界中医药学会联合会医养结合专业委员会、世界中医药学会联合会中医特色诊疗研究专业委员会及中国老年保健医学研究会中医养生保健分会挂靠本所。

建所以来，先后承担并完成国家各级课题170余项，出版著作600余部，发表论文2000余篇，获得各级奖励70余项，其中国家科技进步奖2项，打造了一支高水平的老、中、青结合研究团队。经过不懈地开拓发展，目前形成了以传统医史文献研究为基础，以中医名词术语规范化研究、中医医史文献创新研究数据平台建设、中医药传统知识与非物质文化遗产保护研究、老官山汉墓出土医简及医药文物整理研究、古籍数字化研究等引领学科前沿的格局。

中国医史文献研究所是国家中医药管理局中医史学、中医文献学、中医文化学重点学科建设单位，也是原卫生部指定的医史文献教育基地。1978年起开展研究生教育，是全国第一批博士、硕士授权点。目前，我所拥有博士研究生导师13名、硕士研究生导师17名。2002年起开始接收博士后进站开展研究。着眼于人类健康的需求，中国医史文献研究所在中医医史文献研究、中医药文化研究中负有特别重要的职责。