国家纳米科学中心（以下简称 国家纳米中心 ）是由中国科学院和教育部共同建设，2003年12月获中央机构编制委员会办公室批复成立的中国科学院直属事业单位。纳米中心实行理事会领导下的主任负责制，理事会由国家发展和改革委员会、教育部、科学技术部、财政部、卫生和计划生育委员会、中国科学院、中国工程院、国家自然科学基金委员会和北京市人民政府等单位选派代表组成。
国家纳米中心定位于纳米科学的基础和应用基础研究，目标是建成具有国际先进水平的研究基地、面向国内外开放的纳米科学研究公共技术平台、中国纳米科技领域国际交流的窗口和人才培养基地。在努力为中国纳米科技发展提供支撑的同时，国家纳米中心还致力于促进国家纳米科技产业的标准化和规范化发展，以期为中国纳米科技的健康、有序发展做出贡献。
国家纳米中心现有3个中国科学院重点实验室，分别是中国科学院纳米生物效应与安全性重点实验室、中国科学院纳米标准与检测重点实验室和中国科学院纳米系统与多级次制造重点实验室。纳米生物效应与安全性重点实验室设有纳米生物效应与安全性研究室，纳米标准与检测重点实验室设有纳米表征、纳米标准2个研究室，纳米系统与多级次制造重点实验室设有纳米器件、纳米材料、纳米制造与应用基础等6个研究室。国家纳米科学中心于2018年12月成立了理论室、纳米加工实验室。此外，国家纳米中心与北京大学、清华大学、中国科学院福建物质结构研究所等单位共建协作实验室19个。
国家纳米中心设有办公室、科技处、人事处、教育处、财务处、科技发展与促进处、行政处、资产管理处等8个职能管理部门。
国家纳米中心设立纳米技术发展部，致力于公共开放平台建设，为纳米科技研究提供支撑，主要从事纳米检测技术服务，开展相关培训和研发工作。
国家纳米中心是国务院学位委员会2005年批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有凝聚态物理、物理化学、材料学和纳米科学与技术等4个专业学科博士研究生培养点，凝聚态物理、物理化学、材料学、生物物理学、纳米科学与技术、生物工程、材料工程等7个专业学科硕士研究生培养点，并设有博士后流动站。
2018年，国家纳米中心科研工作再上新的台阶，整体竞争力不断提升。在Nature自然指数最新排名中，国家纳米中心位居全院第五位。2016年，按照中国科学院的统一要求，国家纳米中心顺利通过了纳米科学卓越创新中心筹建的验收，标志着卓越中心建设进入了新的发展阶段。
截至2018年底，国家纳米中心共有在职职工258人。其中科技人员194人、支撑人员36人，包括研究员及正高级工程技术人员56人、副研究员及高级工程技术人员82人。共有在学研究生418人（其中硕士生192人、博士生226人）、在站博士后42人，联合培养研究生410人。
十多年来，国家纳米中心立足面向世界科技前沿、面向国家重大需求、面向国民经济主战场，科研工作取得了一系列重要进展，机构的科技竞争力显著提高。基础研究方面，我们面向交叉学科前沿，开展前瞻性基础研究，在纳米表征技术的发展、纳米材料自组装研究、碳基新原理器件研究、功能导向纳米材料研究和纳米生物效应与安全性研究等科学领域取得了一批重要的创新成果。应用基础研究方面，我们面向国家和社会需求，开展产业核心技术探索研究，在纳米复合涂层材料应用于电力设备防污闪、艾滋病预防药物研制、生化检测试纸的低成本打印技术和全自动微流控核酸检测芯片及仪器等技术研发上取得了重要进展。技术支撑体系方面，以技术标准与战略研究工作为主，初步搭建了我国纳米测量用标准体系，形成了标准物质和标准方法研制的系列化和多样化，使我国成为世界上纳米标准最丰富的国家之一。
国家纳米中心是全国纳米技术标准化技术委员会（SAC/TC279）、中国合格评定国家认可委员会（CNAS）实验室技术委员会纳米专业委员会、中国微米纳米技术学会纳米科学技术分会的挂靠单位。国家纳米中心与英国皇家化学会联合主办的英文期刊Nanoscale受到国内外学界的广泛关注。
