2001年3月，中国农业科学院蚕业研究所与江苏科技大学（原华东船舶工业学院）正式合并。2001年9月，生物技术学院在中国农业科学院蚕业研究所的学术力量基础上正式建立。2006年9月，环境工程专业并入，学院更名为生物与环境工程学院。2011年3月，化学化工相关专业并入，学院更名为生物与化学工程学院。2014年1月，为了进一步强化我校三大办学特色之一 蚕桑及相关生物技术 的发展，将学校生物学科教学培养工作与蚕业研究工作合并整合，重新成立生物技术学院，实行蚕业研究所与生物技术学院两个牌子一套班子的组织管理模式。新运行模式的实施，更好地发挥了国家级专业研究机构对人才培养工作的作用，促进了多学科融合，提高了科研教学水平与效率，实现了科教相长。经过近二十年的建设和发展，生物技术学院已成为专业特色鲜明、教学科研力量雄厚、涵盖本硕博阶段国内学生和国际学生教育的人才培养基地和蚕桑科研基地。
学院现有在职教师119人，其中专任教师104人，正高级职称18人、副高级职称48人，有博士学位者90人，有海外留学经历者45人。目前有博士生导师9人，硕士生导师50余人。拥有国家杰出青年科学基金获得者1人，国家蚕桑产业技术体系岗位科学家6人、江苏省特聘教授3人、江苏省 青蓝工程 中青年学术带头人培养人选3人、江苏省 青蓝工程 优秀青年骨干教师3人、江苏省 333 工程第三层次培养人选4人、江苏省 六大人才高峰 培养人选6人。学院下设生物技术系、生物工程系和蚕学系，拥有生物技术、生物工程、蚕学3个本科专业，其中生物技术专业属江苏省一流本科专业。学院拥有畜牧学一级学科博士学位授权点1个，生物学一级学科硕士学位授权点1个，以及畜牧、资源利用与植物保护、食品加工与安全农业硕士学位授权点1个，已有40余年硕、博士培养经验。目前学院有本科及硕士博士研究生在校生670余人，硕士博士研究生留学生20余人。
学院和研究所科研力量雄厚。长期承担国家 973 、 863 、国家科技支撑、国家自然科学基金等国家级和部省级科研项目，组织全国性蚕桑产业关键技术攻关，在我国蚕桑产业恢复世界第一地位发挥了核心科技支撑作用，先后取得国家级科技奖励成果16项、省部级奖励成果80余项。
学院和研究所科研教学平台众多。建有农业部蚕桑遗传改良重点实验室、农业部蚕桑产业产品质量监督检验测试中心、农业部蚕桑产品及食用昆虫质量安全风险评估实验室、国家种质-镇江桑树圃（科技部）、国家蚕桑育种中心（农业部）、中国-古巴蚕桑科技合作中心（农业部）、国家蚕桑科技转化平台（商务部）、江苏省蚕桑种质资源基因库等科学研究平台，设有江苏省畜牧学重点（培育）学科、江苏省蚕桑生物学与生物技术重点实验室、江苏科技大学生物技术实验教学示范中心等教学研究平台。现有科研设施面积20000余平方米，教学实验室面积4200余平方米。现有仪器设备总值5900余万元，拥有气相色谱-质谱联用仪、液相色谱-质谱联用仪、原子吸收分光光度计、离子色谱仪、红外光谱仪、元素分析仪、流式细胞仪、遗传分析系统、蛋白质快速纯化系统、凝胶成像系统、TOC测定仪、比表面测定仪等先进的仪器设备。此外，学院还建立校内外教学实习基地16个。
研究所建设有家蚕资源与育种、家蚕特用品种选育、家蚕分子育种、养蚕技术与装备、桑树资源与育种、桑树病虫害防控、桑树栽培生理、家蚕分子病理、蚕药研发与蚕病防控、蚕桑资源利用、蚕桑技术集成与创新等11个创新团队。
丰富的实验教学内容，良好的教学实习基地，为学院培养实验技能高、动手能力强、实用与研究型的创新人才奠定了坚实的基础。近年来，学院获得 互联网 全国大学生创业大赛国际赛道铜奖，全国 挑战杯 大学生课外学术科技作品竞赛一等奖、 创青春 全国大学生创业大赛金奖、全国大学生生命科学创新创业大赛特等奖等各类学科竞赛国家级获奖100余项、省级获奖60项；学生科研成果连续五年入选教育部组织的全国大学生创新创业年会；创办的全国大学生蚕桑生物技术创新大赛成为行业特色科技创新示范平台。有2篇博士论文、10篇硕士论文被评为江苏省优秀学位论文，5篇本科毕业论文被评为江苏省本科优秀毕业设计（论文）。全院学生考研率、英语四六级通过率位居全校前列。近三年毕业生考研录取率均超40%，本科及研究生的就业率均达100%。
生物技术学院，作为江苏科技大学的特色学院特色学科得到有力支持，经过教职员工近二十年的不懈努力，在学科建设、师资队伍建设、科学研究、人才培养、学院管理等各方面均取得了显著成绩。今后，学院将进一步解放思想，开拓创新，群策群力，真抓实干，争取做出更大的成绩。
