温州医科大学是浙江省省属普通高等学校、浙江省重点建设高校。2015年成为浙江省人民政府、国家卫生计生委和教育部共建高校，2017年成为浙江省重点建设高校。现有临床医学一级学科博士点，临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学等8个一级学科硕士点，6个专业硕士学位授权点；设有临床医学一级学科博士后科研流动站。学校进入ESI全球排名前0.3%（全国百强），临床医学专业全球 ESI排名前 0.23%，化学、药理学与毒理学进入ESI全球前1%。拥有1个国家工程技术研究中心、1个国家重点实验室、13个省部级重点实验室（研究中心）、1个浙江省 2011协同创新中心 ；2个浙江省 重中之重一级学科 ，3个浙江省A类一流学科、7个B类一流学科，10个浙江省高校重点学科，2个浙江省重点建设学科。

学校承担国家级科研项目900余项，科研成果获得省部级以上奖励140余项，其中获国家科技进步奖一等奖1项、国家科技进步奖二等奖4项、国家技术发明奖二等奖2项、教育部科技奖一等奖1项、中华医学科技奖一等奖4项、中国药学会科技奖一等奖1项、浙江省科学技术奖重大贡献奖1项、浙江省科学技术奖一等奖13项、教育部人文社会科学优秀成果奖1项、浙江省哲学社会科学优秀成果奖2项。 2017年获国家自然科学基金资助项目124项，居省属高校第二位。学校拥有5所附属医院，其中4所为三级甲等医院，同时在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院）。