吉林大学在东北亚研究方面具有较长的历史。1964年，经国务院批准，吉林大学成立了日本问题研究室和朝鲜问题研究室。20世纪70年代以来，吉林大学先后成立了日本研究所、朝鲜研究所（后更名为：朝鲜韩国研究所）、苏联研究所（后更名为：俄罗斯研究所）、人口研究所、区域经济研究所、图们江地区开发研究所，对东北亚地区的日本、朝鲜、韩国、俄罗斯、蒙古开展研究。
1994年4月，吉林大学将日本研究所、朝鲜韩国研究所、俄罗斯研究所、人口研究所、图们江国际开发研究所、区域经济研究所合并，成立了东北亚研究院。
1997年，东北亚研究院入选国家 211工程 重点建设学科建设项目，顺利完成 东北亚区域政治、经济、历史与社会发展研究 一期、二期、三期项目建设。
1999年l0月，以东北亚研究院为依托，聘任了校内外从事世界经济、国际政治、东北亚历史等方面的研究人员，成立了吉林大学东北亚研究中心。1999年 12月，吉林大学东北亚研究中心经国家教育部批准，成为首批十五家普通高等学校人文社会科学重点研究基地之一。2003年和2009年，东北亚研究中心顺利通过教育部验收，并于2009年11月被评为优秀重点研究基地。
2005年，东北亚研究院入选 985工程 二期 哲学社会科学创新基地，成立了 东北亚研究与东北振兴哲学社会科学创新基地 ，2010年改称为 东北亚区域合作与长吉图发展战略创新基地 ，同时成立 中国人口老龄化研究创新基地 。
2011年6月，吉林大学以东北亚研究院为依托成立 东北亚区域研究协同创新中心 ，通过国内外研究单位在人才、学科、科研方面的优势互补、协同合作，提升对东北亚间重大问题研究、人才培养、学科发展的综合创新能力。
东北亚研究院致力于推动各种形式的国际交流与合作，目前已与美国、日本、朝鲜、韩国、俄罗斯、蒙古等国家的大学和研究机构签订了交流协议，通过互派学者和留学生、开展共同研究、交换资料，共同组织召开国际学术会议等形式，促进东北亚问题的研究。
经过多年的发展，围绕东北亚地区重大理论问题和现实问题，充分发挥对东北亚区域经济、政治、历史与社会发展领域多学科综合研究的优势，服务于国家重大战略需求和社会经济发展需求，东北亚研究院逐步成长为以国际问题研究为主、多学科交叉、在国内外有较大影响力的专职研究机构。
东北亚研究院现有教职工83人，专职科研人员61人，其中教授32人(含博士生导师27人)，副教授21人，讲师8人；有 哲学社会科学资深教授 1 人，国务院学位委员会学科评议组成员1人，教育部社会科学委员会委员1人，教育部跨世纪人才1人，吉林省省管专家4人，吉林省拔尖创新人才3人，吉林省有突出贡献的中青年专业技术人才2人，吉林大学 匡亚明特聘教授 2人，吉林大学 匡亚明讲座教授 3人。目前已经形成了结构合理、实力雄厚的研究梯队和教师队伍。
研究院现有世界经济、区域经济学、人口·资源与环境经济学、人口学、国际政治、世界史等六个硕士和博士学位授权点，共培养博士研究生621人，硕士研究生 1148人，留学生120人。目前在校的博士研究生282人，硕士研究生226人，留学生31人。2004年开始，受教育部委托，东北亚研究院的世界经济专业招收和培养韩国硕士、博士研究生。在学期间，用韩国语和汉语双语授课，学生们用韩国语撰写论文和答辩。
新世纪以来，获国家社会科学基金重大招标项目2项、国家社科基金项目14项、国家自然科学基金项目1项、教育部重大攻关项目1项、教育部其他项目38项、吉林省社会科学基金项目33项、其他部委及横向课题110项，获省部级奖41项，出版学术著作128部、在国内外刊物上公开发表论文1590篇，提交并被采纳研究报告205篇，充分发挥了为国家决策部门提供咨询意见、服务于地方经济建设的作用。
