中国水产科学研究院长江水产研究所隶属于国家农业农村部，是我国最早的水产科学重点研究机构之一，于1958年在南京成立，1965年迁往湖北省沙市市（现荆州市），进入二十一世纪，着眼于科研的发展战略和布局，农业部2005年第22次常务会议同意长江所在武汉设立研究中心，2011年初搬迁至湖北武汉。
目前，长江所有工作人员近300人，其中事业编制181人。编内有专业技术人员156人，其中研究员24人、副研究员36人、助理研究员83人；拥有博士学位65人、硕士学位50人、本科50人。有国务院政府特殊津贴享受者12人，农业农村部农业科研杰出人才2人及创新团队2个，湖北省人民政府特殊津贴享受者4人，湖北省新世纪高层次人才工程二层次以上人选3人，中国水产科学研究院优秀科技创新团队2个，中国水产科学研究院首席科学家2人，中国水产科学研究院中青年拔尖人才1人，先后有16人当选中国水产科学研究院百名科技英才人选，博士生导师6人，硕士生导师30多人。设有博士后科研工作站。
所内科研主体由农业农村部淡水生物多样性保护、中国水产科学院淡水生态与健康养殖两个重点实验室组成，主要开展水产种质资源保存与遗传育种、濒危水生动物保护、渔业资源调查评估与水域生态环境监测保护、水产养殖基础生物学与养殖技术、鱼类营养与病害防治、水产品质量标准与检测等领域的应用基础和应用技术研究。同时还承担农业农村部水产品检测、渔业资源、生态、环境监测、科技杂志出版等公益任务。
建所六十多年来，先后承担各类科研项目2000多项，获得各类科研成果200多项，其中，国家级奖励10项，省部级奖励99项，获全国科学大会奖的 鲤鱼杂交一代优势利用的研究 、获国家科技进步奖的 草鱼出血病防治技术研究 、 中华鲟物种保护技术研究 等成果的推广应用都产生了显著的经济和社会效益。长江所在淡水鱼类基础生物学、资源保护、育种和养殖、营养与饲料、病害防治等方面形成了雄厚的技术积累，所从事的中华鲟、鲥鱼、大鲵、胭脂鱼等濒危水生动物的生物学、资源保护和繁殖等研究多属于开创性研究，其技术方法处于国内外领先水平。与美国、日本、捷克、新加坡等30多个国家的科研和教学机构建立了合作关系。为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。
